Računovođe i dio poduzetnika upozoravaju na niz tehničkih i organizacijskih poteškoća u provedbi Fiskalizacije 2.0 koje su u prvim tjednima otežale ili onemogućile urednu razmjenu i naplatu računa. O iskustvima iz prakse i ulozi informacijskih posrednika govorilo se u emisiji Studio 4, a istaknuto je kako su problemi zahvatili više razina sustava.
S druge strane, Ministarstvo financija i Porezna uprava poručuju da sustav funkcionira stabilno. Potpredsjednik Vlade i ministar financija Marko Primorac naveo je da je uoči vikenda fiskalizirano oko četiri milijuna računa, što je više nego u istom razdoblju prošle godine, uz ocjenu da nema razloga za bojazan oko daljnje primjene sustava.
Predsjednica Udruge računovođa pri Hrvatska gospodarska komora, Tamara Katarajn, pojasnila je da su strukovna udruženja sudjelovala u izradi zakonskog okvira te zagovarala postupno uvođenje i testne faze. Iako takav model nije u potpunosti prihvaćen, u praksi je uspostavljeno prijelazno razdoblje bez prekršajnih sankcija, uz obvezu da se sustav mora pokrenuti i stabilizirati.
Kao središte najvećih poteškoća istaknuti su informacijski posrednici, koje je većina poduzetnika izabrala za razmjenu računa. U tom segmentu zabilježeni su tehnički propusti, nedovoljna usklađenost podataka i problemi s adresarom za dostavu računa (AMS), uključujući slučajeve masovnih upisa bez izričitog zahtjeva poduzetnika te situacije u kojima su računi završavali na pogrešnim adresama ili kod bivših posrednika.
Dodatnu zabrinutost izazvali su sigurnosni propusti, jer su pojedini korisnici imali uvid u račune i podatke tvrtki koje nisu njihove, što je ozbiljno narušilo povjerenje u sustav. Dio problema pripisan je nedostatnoj kvaliteti usluge pojedinih posrednika i prevelikom fokusu na marketing umjesto na tehničku pouzdanost. U javnom prostoru o Fiskalizaciji 2.0 otvorena je i politička rasprava, a najavljena je i interpelacija koju pokreće Možemo!, dok struka poručuje da je nužno brzo otkloniti uočene slabosti kako bi se osigurala normalna likvidnost i poslovanje poduzetnika.
